Bugüne kadar haksız ve kanunsuz uygulamaları ve aldıkları kararlar nedeniyle iktidarın koruma şemsiyesi altında kalarak bir türlü soruşturulamayan ve yargılanamayan TMSF yönetiminin, Danıştay’ın aldığı bir kararla haksız ve kanunsuz uygulamalarının soruşturulması ve yargılanmasının yolu açılıyor. Danıştay 1. Dairesi 27 Mart 2007 tarihinde aldığı bir kararla; TMSF’nin Kemal Uzan’a ait olduğu iddia edilen günlükleri basına sızdırmak suretiyle özel hayatın gizliliğini ihlal eden ve görevlerini kötüye kullanan TMSF Başkanı, yönetim kurulu üyeleri ve iki TMSF görevlisinin soruşturulmasına izin vermeyen Devlet Bakanı Abdüllatif Şener’in kararını kaldırdı. Danıştay’a yapılan başvuru üzerine; TMSF Başkanı, TMSF Yönetim Kurulu üyeleri ve iki TMSF görevlisi hakkında soruşturma izni verilmemesine ilişkin Devlet Bakanı Abdüllatif Şener’in 9 Ocak 2007 – B.02.0.001/40 sayılı kararının eksiklikler taşıdığı ve bu nedenle eksiklikler giderildikten sonra yeniden bir karar verilmesi gerektiği vurgulandı. Danıştay’ın aldığı kararla, özel hayatın gizliliğini ihlal eden ve görevlerini kötüye kullanan TMSF yöneticilerinin haklarında soruşturma yapılmasının yolu açıldı.